開始使用流式細(xì)胞儀，第一步是準(zhǔn)備要分析的樣品。從細(xì)胞培養(yǎng)物，血液或分解的組織中獲得的細(xì)胞應(yīng)制成懸浮液。將該細(xì)胞懸浮液分成數(shù)個(gè)試管進(jìn)行染色，保留未染色細(xì)胞作為對照。通過添加標(biāo)記有熒光探針的抗體或染色細(xì)胞成分的染料對其他細(xì)胞樣品染色。分析細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)時(shí)，首先必須將細(xì)胞固定（使用福爾馬林緩沖液）并進(jìn)行透化（使用透化劑），以使抗體和染料進(jìn)入細(xì)胞。細(xì)胞與抗體或染料孵育后，將細(xì)胞在緩沖液中洗滌，然后重懸在基于鹽的緩沖液中進(jìn)行分析。然后將準(zhǔn)備好的樣品引入流式細(xì)胞儀。

細(xì)胞分選原理：

在壓電晶體上加上頻率為30kHz的信號，使之產(chǎn)生同頻率的機(jī)械振動(dòng)，流動(dòng)室也隨之振動(dòng)，這樣通過測量區(qū)的液柱斷裂成一連串均勻的液滴。

在細(xì)胞形成液滴以前，各類細(xì)胞的特性已在測量區(qū)被測定并儲存。如果其特性與要分選的細(xì)胞相同時(shí)，儀器就在這類細(xì)胞形成液滴時(shí)給該液滴充與指定的電荷，這樣，當(dāng)被選定的細(xì)胞形成液滴時(shí)就帶有特定的電荷，未被選定的細(xì)胞形成的細(xì)胞液滴及不含細(xì)胞的空白液滴不被充電，也就不帶電荷。

帶有電荷的液滴向下落入偏轉(zhuǎn)板間的靜電場時(shí)，依據(jù)所帶電荷符號向左或向右偏轉(zhuǎn)，落入指定的收集器內(nèi)，不帶電荷的液滴不發(fā)生偏轉(zhuǎn)，垂直落入廢液槽中排出，從而實(shí)現(xiàn)細(xì)胞的分類。